"Baliabide gutxiagorekin gehiago garraiatu" dioen ideia oinarri hartuta, Mercadonaren kudeaketa logistikoak ibilbide guztiak optimizatzen ditu, flota etengabe berritzen eta modernizatzen du, garraiobide jasangarrienak aukeratzen ditu (erregai alternatiboz dabiltzanak) eta azken milia hobetzeko estrategiak bilatzen ditu.

Elikagai-banatzaile den aldetik, Mercadonaren lehentasuna da prozesuetan hondakin gutxiago sortzeko neurriak hartzea, eta arreta berezia jartzea ez dadin elikagairik alferrik gal. Gainera, plastiko gutxiago erabiltzeko eta marka propioko ontzien jasangarritasuna hobetzeko lanean dihardu. Europako Batasunak ezarritako irizpideen araberako irtenbiderik onena lortu nahi du.