Basant-se en la premissa de "Transportar més amb menys recursos", la gestió logística de Mercadona se centra en l'optimització de cada trajecte realitzat, la renovació i la modernització constants de la flota, la recerca de modes de transport més sostenibles amb combustibles alternatius i estratègies per millorar l'últim quilòmetre.

Com a distribuïdor d'alimentació, Mercadona té com a prioritat la prevenció de la generació de residus en els seus processos, amb un èmfasi especial a evitar el malbaratament alimentari. A més, també està treballant per reduir l'ús de plàstic i millorar la sostenibilitat dels envasos de marca pròpia, buscant les millors solucions segons els criteris que marca la Unió Europea.